사실과 다른 수입세금계산서가 세금계산서 불성실가산세 부과 대상인지? | 세금계산서와 수입세금계산서 | 부가가치세법 (1)

[세    목]
부가
[결정유형]
일부채택
[문서번호]
적부-국세청-2022-0015(2022.06.02)
[전심번호]

[제    목]
 사실과 다른 수입세금계산서가 세금계산서 불성실가산세 부과 대상인지 여부

[요    지]
 「부가가치세법」제60조 제2항, 제3항이 규정하고 있는 세금계산서 불성실가산세가 “세금계산서”가 아닌 “수입세금계산서”의 경우까지도 적용되는 것으로 확대 해석하는 것은 조세법률주의의 파생원칙인 엄격해석의 원칙에 위배되는 것으로 보인다.
[결정내용]
 결정 내용은 붙임과 같습니다.
   
 
[관련법령]
부가가치세법 제38조【공제하는 매입세액】 부가가치세법 제39조【공제하지 아니하는 매입세액】 부가가치세법 제32조 【세금계산서 등】 부가가치세법 제60조【가산세】




주         문

 ○○지방국세청장이 2022.1.20. 청구법인에게 한 2017년 제1기부터 2021년 제1기까지의 부가가치세 17,071,139,793원을 부과하겠다는 세무조사결과통지는,
1. 쟁점부품에 대한 수입세금계산서에 관한 세금계산서불성실가산세(2017년 제1기부터 2021년 제1기까지 총 2,678,948,615원)를 차감하는 것으로 【채택】결정하고,
2. 나머지 청구는 이를 【불채택】결정합니다.

이         유

1. 통지내용

 가. AAA1(미국 소재)은 반도체제조장비 제조회사이며, AAA2(싱가포르 소재)는 AAA1의 자회사이다. 

  AAA1 및 AAA2는 반도체제조장비(이하 “쟁점장비”라 한다)를 제조하여 SS전자 등 국내 반도체 회사(이하 “국내고객사”라 한다)에 판매한다.  
 
 나. 청구법인은 AAA1의 한국 자회사(외국인 투자기업)로 □□ △△시에 위치하고 있으며, 1993.5.24. 설립되어 반도체제조장비의 제조, 조립 및 시험, 관련제품의 무역업 등을 목적으로 하고 있다.

  청구법인은 2009.10.26. AAA2와 판매지원 서비스, 설치 및 보증 서비스 등 관련 계약(이하 “쟁점계약”이라 한다)을 맺은 이후 현재까지 AAA1·AAA2의 한국 고객으로부터의 주문 접수, 제품 광고·판촉, 쟁점장비 관련 설치·유지보수 등의 용역을 AAA2에게 제공하고 AAA2로부터 대가(수수료)를 지급받고 있다(영세율 적용).
 
 다. 청구법인은 쟁점장비의 부품들을 유상‧무상으로 수입하고 있다. 이 중에는 설치, 하자보증 내지 유지보수 서비스 제공을 목적으로 AAA1·AAA2로부터 유상 수입하는 부품(이하 “쟁점외부품”이라 한다)도 있고, AAA1·AAA2로부터 국내고객사로의 쟁점장비 발송을 위한 선적 시 누락되어 청구법인이 AAA2로부터 무상 수입하는 부품(이하 “쟁점부품”이라 한다)도 있다.
 
 라. 상기한 쟁점장비 및 쟁점부품‧쟁점외부품 관련 거래의 흐름을 도식화하여 나타내면 다음과 같다.

 <그림>

 마. 청구법인은 쟁점부품 및 쟁점외부품에 대해 ‘관세의 과세가격, 관세 및 기타 제세의 합계’를 과세표준으로 한 부가가치세를 납부하고, 이에 대한 수입세금계산서(이 중 쟁점부품에 대한 수입세금계산서를 “쟁점세금계산서”라 한다)를 세관장으로부터 발급받았다.

  이후 청구법인은 2017년 제1기∼2021년 제1기 부가가치세 환급신고 시 쟁점세금계산서 상의 부가가치세 납부세액에 대해 매입세액 공제를 적용하였다. 당해 기간 동안의 쟁점세금계산서 관련 청구법인의 매입세액 공제금액(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)은 총 10,264백만원이다.
 
 바. 조사청은 2021.8.17.부터 2022.1.20.까지 청구법인에 대한 법인통합조사를 실시하여, 2022.1.20. 쟁점부품은 ‘①청구법인이 ②청구법인의 사업을 위하여 사용할 목적으로 수입하는 재화’에 해당하지 않는다고 보아 쟁점매입세액을 불공제하여 2017년 제1기∼2021년 제1기 부가가치세 17,071,139,793원(가산세 포함)을 고지하겠다는 세무조사결과통지를 하였다.

 사. 청구법인은 이에 불복하여 2022.2.18. 이 건 과세전적부심사청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장

 (쟁점① 관련)

 가. 청구법인은 쟁점부품의 실질적인 수입주체이므로, 청구법인을 수입자로 한 쟁점세금계산서는 정상적인 수입세금계산서이다.

 1) 조사청은 무환수입한 쟁점부품의 실질적 수입(통관)의 주체가 청구법인이 아닌 AAA2라고 주장하고 있다. 이에 따라, 실질적 수입자인 AAA2가 아닌 청구법인의 명의로 쟁점세금계산서를 교부받았다는 점을 들어 이를 사실과 다른 세금계산서로 보고 있다. 

 2) 하지만, 쟁점부품의 거래와 관련된 송품장(Invoice), 운송장 및 수입신고 시 제출된 선하증권 상 청구법인이 수입자로 기재되어 있으므로 쟁점부품의 거래 당사자는 ‘수출자인 AAA2와 수입자인 청구법인’으로 보는 것이 타당하다. 즉, 청구법인이 쟁점부품의 실질적인 수입자이다.

 3) 또한 청구법인이 발급받은 쟁점세금계산서는 국가기관인 세관장이 수입자인 청구법인을 대상으로 직접 적법하게 발행한 수입세금계산서로서, 당해 문서의 진실성과 정확성은 충분히 검증되었다고 보아야 한다. 

 4) 따라서, 세관장이 실질적 수입자인 청구법인을 수입자로 하여 발행한 쟁점세금계산서는 정상적인 수입세금계산서이다. 

 나. 쟁점부품의 무환수입은 청구법인의 사업을 위해 이루어진 것이므로 쟁점매입세액은 매입세액공제 대상이다. 

 1) 재화의 수입과 관련된 매입세액공제의 요건은 「부가가치세법」제38조 제1항 제2호에 규정되어 있다. 이에 따르면 “사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 수입하는 재화의 수입에 대한 부가가치세액”을 매입세액공제 대상으로 하고 있다. 

 2) 청구법인은 쟁점계약에 따라 AAA2에게 판매지원 서비스를 제공하고 있으며, 쟁점부품의 무환수입은 판매지원 서비스의 일환으로 이루어진 직접적인 사업 활동이므로 쟁점매입세액은 매입세액공제 대상이다. 

 3) 또한 쟁점부품의 무환수입은 쟁점계약상 설치 서비스 제공을 위해 반드시 필요하다는 측면에서도 사업 관련성이 인정되어 쟁점매입세액을 매입세액공제 대상으로 보아야 한다. 

 
 (쟁점② 관련)
 
 다. (②-1 관련)설령 쟁점매입세액이 매입세액공제 대상이 아니라고 보더라도 조사청이 부과한 쟁점세금계산서에 대한 세금계산서 불성실가산세는 부당하다.

 1) 조사청이 본 건 세금계산서 불성실가산세 부과의 근거로 삼고 있는「부가가치세법」제60조 제3항은 법문 그대로 “재화 또는 용역의 공급”과 관련한 “세금계산서”에 적용되는 것이지 ‘재화의 수입’ 시 발급받는 “수입세금계산서”에 적용되는 것이 아니어서 수입세금계산서에 대한 세금계산서 불성실가산세는 일단 그 자체로 부당하다.

 2) 또한, 조사청이 쟁점세금계산서에 대해 적용한 세금계산서 불성실가산세(세율 3%)는 “재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서 등을 발급받은 경우”(「부가가치세법」제60조 제3항 제2호)에 부과하는 가산세로서, 실물거래 없이 가공 발행된 세금계산서를 수취한 경우에 적용하는 높은 수준의 가산세이다.

 3) 하지만, 쟁점세금계산서는 청구법인이 실물(쟁점부품)을 실제로 수입하고 세관장으로부터 수취한 세금계산서로서 가공세금계산서가 아님이 명백하다.

 4) 따라서, 설령 사업 관련성이 없다는 이유로 쟁점매입세액을 매입세액 불공제 대상으로 본다 하더라도, 쟁점세금계산서에 대한 세금계산서 불성실가산세 부과는 취소되어야 한다. 

 
 라. (②-2 관련) 설령 세금계산서 불성실가산세를 부과하더라도 세율 3%가 아닌 세율 1%의 가산세가 부과되는 것이 타당하다.

 1) 설령 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서라고 본다 하더라도 이를 가공세금계산서로 보는 것은 부당하다. 즉 세율 3%가 적용될 대상은 아니다.

 2) 이 경우는 「부가가치세법」제60조 제2항 제5호가 규정하고 있는 “세금계산서의 필요적 기재사항의 일부가 착오 또는 과실로 사실과 다른 경우”에 해당하여 세율 1%를 적용하는 것이 타당하다. 

3. 조사청 의견      

 (쟁점① 관련)
 
 가. 쟁점부품의 실질적 수입 주체는 AAA2(내지 국내고객사)이므로 청구법인을 수입자로 한 쟁점세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당하여 쟁점매입세액은 매입세액 불공제 대상이다. 

 1) 형식상의 수입신고 명의인에 불과할 뿐 그 수입의 효과가 실질적으로 귀속되지 아니하는 자를 수입자로 하여 교부받은 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당하여 그 매입세액은 매출세액에서 공제되지 아니한다(대법원2009두11546, 2011.4.28. 판결 참조).

 2) 쟁점부품은 AAA2가 국내고객사에 판매한 쟁점장비의 일부를 구성하는 것(쟁점장비의 대가에는 쟁점부품의 대가도 포함되어 있음)이다. 이와 관련하여, 청구법인의 역할은 AAA2로부터 쟁점부품을 인도받아 쟁점장비 설치 과정에서 국내고객사에 전달해 주는 역할로 해석된다.

  여기서 쟁점장비 매매 계약의 당사자가 AAA2와 국내고객사인 이상 쟁점부품의 실질적 수입통관주체 역시 청구법인이 아닌 AAA2 내지 국내고객사라고 보는 것이 타당하다.   

 3) 따라서, 쟁점부품의 실질적 수입자는 AAA2(또는 국내고객사)이고, 수입 이후 줄곧 쟁점부품의 소유권은 AAA2(또는 국내고객사)에 귀속되어 있다. 청구법인은 쟁점부품과 관련하여 형식상의 수입신고 명의인일 뿐이다.    

 4) 결과적으로 쟁점세금계산서는 필요적 기재사항인 공급받는 자(의 등록번호)가 사실과 다르게 적힌 세금계산서, 즉 사실과 다른 세금계산서이므로 「부가가치세법」제39조 제1항에 의해 매입세액 불공제 대상이다. 
 
 나. 쟁점매입세액은 청구법인의 사업과 직접적 관련이 없는 재화에 대한 매입세액이라는 측면에서도 매입세액 불공제 대상이다.

 1) 쟁점계약 상 청구법인은 AAA2에게 ①판매지원 서비스 및 ②설치 및 보증 서비스 등을 제공하고 있는 것으로 파악되며, 청구법인은 쟁점부품의 무환수입이 이들 서비스 제공을 위한 것이라고 주장하고 있다.

 2) 그런데 우선, 쟁점부품(누락부품 등)은 청구법인의 ‘판매지원 서비스’와 관련이 없다. 당해 서비스는 AAA2의 국내고객사에 대한 쟁점장비 판매가 원활히 성사되도록 사전적으로 지원하는 성격의 서비스(고객과의 만남·협상, 판매 회의 참석, 홍보 및 광고 등)로서 쟁점부품이 필요한 서비스가 아니다.  

 3) 또한, 쟁점부품은 청구법인의 ‘설치 서비스’와도 직접적 관련이 없다. 쟁점부품은 AAA2가 국내고객사에 판매한 쟁점장비의 일부를 구성하는 것(쟁점장비의 대가에는 쟁점부품의 대가도 포함되어 있음)으로서 ‘매출의 대상’ 내지 ‘설치의 목적물’인 것이지 ‘설치 서비스 제공을 위해 투입되는 재화’가 아니다.

 4) 쟁점부품은 청구법인의 ‘보증 서비스’와도 관련이 없다.

  청구법인은 쟁점장비의 설치 후 일정한 ‘보증 기간’ 동안 AAA2를 대신하여 국내고객사에게 하자를 보수하는 역할(Warranty)을 수행하고 있다. 이러한 보증 서비스에 사용되는 부품은 바로 청구법인이 유상으로 수입한 쟁점외부품이며, 청구법인은 이를 재고자산으로 계상하면서 ‘보증 서비스’를 위해 사용하고 있다. 반면, 쟁점부품은 ‘보증 서비스’를 위해 투입되는 재화가 아니다.

 5) 이상에서 살펴본 바와 같이 청구법인이 무환수입한 쟁점부품은 AAA2가 국내고객사에 매출한 쟁점장비의 일부일 뿐이고, 쟁점계약상 판매지원 서비스 혹은 설치 및 보증 서비스 등에 투입되는 재화가 아니다. 따라서, 쟁점매입세액은 청구법인의 사업과 관련이 없는 재화에 대한 매입세액으로 매입세액 불공제 대상이다.
 

 (쟁점② 관련)
 

 다. 조사청이 부과한 세금계산서 불성실가산세는 타당하다.
 1) 수입세금계산서는 「부가가치세법」상 세금계산서 발급에 관한 규정을 준용하여 발급하는 것이므로 세금계산서 불성실가산세는 수입세금계산서의 경우에도 적용되는 것으로 보아야 하며, 실제 수입세금계산서에 대해서도 당해 가산세를 부과해 오고 있다. 

 2) 쟁점세금계산서는 형식상의 수입신고 명의인인 청구법인이 실질적으로 재화를 공급받지 않고 발급받은 사실과 다른 세금계산서이다. 따라서, 세금계산서 가공수취에 대한 가산세(3% 세율)를 부과하는 것이 타당하다.

4. 심리 및 판단

 가. 쟁점
 ①쟁점부품에 대한 부가가치세액이 매입세액공제 대상인지 여부
 ②쟁점세금계산서에 대한 세금계산서 불성실가산세 관련
 ②-1(①불채택시)가산세 부과가 부당하다는 청구주장의 당부
 ②-2(②-1불채택시)3% 세율이 아닌 1% 세율의 가산세를 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

 나. 관련법령
 1) 부가가치세법 제3조【납세의무자】([2020.12.22.-17653호]일부개정, 이하 같다) 
 ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자로서 개인, 법인(국가ㆍ지방자치단체와 지방자치단체조합을 포함한다), 법인격이 없는 사단ㆍ재단 또는 그 밖의 단체는 이 법에 따라 부가가치세를 납부할 의무가 있다.
 1. 사업자
 2. 재화를 수입하는 자

 1-1) 부가가치세법 제50조【재화의 수입에 대한 신고ㆍ납부】 
 제3조제1항제2호의 납세의무자가 재화의 수입에 대하여 「관세법」에 따라 관세를 세관장에게 신고하고 납부하는 경우에는 재화의 수입에 대한 부가가치세를 함께 신고하고 납부하여야 한다.

 1-2) 부가가치세법 제29조【과세표준】
 ① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다.
 ② 재화의 수입에 대한 부가가치세의 과세표준은 그 재화에 대한 관세의 과세가격과 관세, 개별소비세, 주세, 교육세, 농어촌특별세 및 교통ㆍ에너지ㆍ환경세를 합한 금액으로 한다.

 2) 부가가치세법 제38조【공제하는 매입세액】
 ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.
 1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)
 2. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 수입하는 재화의 수입에 대한 부가가치세액

 3) 부가가치세법 제39조【공제하지 아니하는 매입세액】
 ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 
 2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조제1항제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.
 4. 사업과 직접 관련이 없는 지출로서 대통령령으로 정하는 것에 대한 매입세액
 ② 제1항에 따라 공제되지 아니하는 매입세액의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
 

3-1) 부가가치세법 시행령 제75조【세금계산서 등의 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 경우 등에 대한 매입세액 공제】([2021.2.17.-31445호]일부개정, 이하 같다)
 법 제39조제1항제2호 단서에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
 1. 제11조제1항 또는 제2항에 따라 사업자등록을 신청한 사업자가 제11조제5항에 따른 사업자등록증 발급일까지의 거래에 대하여 해당 사업자 또는 대표자의 주민등록번호를 적어 발급받은 경우
 2. 법 제32조에 따라 발급받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 사실과 다르게 적혔으나 그 세금계산서에 적힌 나머지 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우
 3. 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 발급받은 세금계산서로서 해당 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한까지 발급받은 경우
 4. 법 제32조제2항에 따라 발급받은 전자세금계산서로서 국세청장에게 전송되지 아니하였으나 발급한 사실이 확인되는 경우
 5. 법 제32조제2항에 따른 전자세금계산서 외의 세금계산서로서 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한까지 발급받았고, 그 거래사실도 확인되는 경우
 6. 실제로 재화 또는 용역을 공급하거나 공급받은 사업장이 아닌 사업장을 적은 세금계산서를 발급받았더라도 그 사업장이 법 제51조제1항에 따라 총괄하여 납부하거나 사업자 단위 과세 사업자에 해당하는 사업장인 경우로서 그 재화 또는 용역을 실제로 공급한 사업자가 법 제48조ㆍ제49조 또는 제66조ㆍ제67조에 따라 납세지 관할 세무서장에게 해당 과세기간에 대한 납부세액을 신고하고 납부한 경우
 7. 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한이 지난 후 세금계산서를 발급받았더라도 그 세금계산서의 발급일이 확정신고기한 다음 날부터 6개월 이내이고 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우
 가. 「국세기본법 시행령」 제25조제1항에 따른 과세표준수정신고서와 같은 영 제25조의3에 따른 경정 청구서를 세금계산서와 함께 제출하는 경우
 나. 해당 거래사실이 확인되어 법 제57조에 따라 납세지 관할 세무서장, 납세지 관할 지방국세청장 또는 국세청장(이하 이 조에서 "납세지 관할 세무서장등"이라 한다)이 결정 또는 경정하는 경우
 8. 재화 또는 용역의 공급시기 전에 세금계산서를 발급받았더라도 재화 또는 용역의 공급시기가 그 세금계산서의 발급일부터 30일 이내에 도래하고 해당 거래사실이 확인되어 법 제57조에 따라 납세지 관할 세무서장등이 결정 또는 경정하는 경우
 9. 거래의 실질이 위탁매매 또는 대리인에 의한 매매에 해당함에도 불구하고 거래 당사자 간 계약에 따라 위탁매매 또는 대리인에 의한 매매가 아닌 거래로 하여 세금계산서를 발급받은 경우로서 그 거래사실이 확인되고 거래 당사자가 법 제48조ㆍ제49조 또는 제66조ㆍ제67조에 따라 납세지 관할 세무서장에게 해당 납부세액을 신고하고 납부한 경우   
 10. 거래의 실질이 위탁매매 또는 대리인에 의한 매매에 해당하지 않음에도 불구하고 거래 당사자 간 계약에 따라 위탁매매 또는 대리인에 의한 매매로 하여 세금계산서를 발급받은 경우로서 그 거래사실이 확인되고 거래 당사자가 법 제48조ㆍ제49조 또는 제66조ㆍ제67조에 따라 납세지 관할 세무서장에게 해당 납부세액을 신고하고 납부한 경우

 3-2) 부가가치세법 시행령 제77조【사업과 직접 관련이 없는 지출】  
 법 제39조제1항제4호에 따른 사업과 직접 관련이 없는 지출의 범위는 「소득세법 시행령」 제78조 또는 「법인세법 시행령」 제48조, 제49조제3항 및 제50조에서 정하는 바에 따른다.

 3-2-1) 소득세법 시행령 제78조【업무와 관련 없는 지출】([2021.5.4.-31659호]일부개정)
 법 제33조제1항제13호에서 "직접 그 업무와 관련이 없다고 인정되는 금액"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다. 
 1. 사업자가 그 업무와 관련 없는 자산을 취득·관리함으로써 발생하는 취득비·유지비·수선비와 이와 관련되는 필요경비

 3-2-2) 법인세법 시행령 제50조【업무와 관련이 없는 지출】([2021.5.4.-31660호]일부개정)
 ① 법 제27조제2호에서 "대통령령으로 정하는 금액"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지출금액을 말한다. 
 1. 해당 법인이 직접 사용하지 아니하고 다른 사람(주주등이 아닌 임원과 소액주주등인 임원 및 직원은 제외한다)이 주로 사용하고 있는 장소ㆍ건축물ㆍ물건 등의 유지비ㆍ관리비ㆍ사용료와 이와 관련되는 지출금. (단서 이하 생략)
 

4) 부가가치세법 제32조【세금계산서 등】 
 ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.
 1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭
 2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

 5) 부가가치세법 제35조【수입세금계산서】
 ① 세관장은 수입되는 재화에 대하여 부가가치세를 징수할 때(제50조의2에 따라 부가가치세의 납부가 유예되는 때를 포함한다)에는 수입된 재화에 대한 세금계산서(이하 "수입세금계산서"라 한다)를 대통령령으로 정하는 바에 따라 수입하는 자에게 발급하여야 한다. 
 ⑤ 수입세금계산서 또는 수정수입세금계산서의 작성과 발급 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 5-1) 부가가치세법 시행령 제72조【수입세금계산서】
 ① 법 제35조제1항에 따른 수입세금계산서는 법 제32조제1항에 따른 세금계산서 발급에 관한 규정을 준용하여 발급한다. 이 경우 법 제50조의2제1항에 따라 부가가치세 납부가 유예되는 때에는 수입세금계산서에 부가가치세 납부유예 표시를 하여 발급한다.

 6) 관세법 제19조【납세의무자】([2020.12.22.-17649호]일부개정, 이하 같다)
 ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 관세의 납세의무자가 된다. 
 1. 수입신고를 한 물품인 경우에는 그 물품을 수입신고하는 때의 화주(화주가 불분명할 때에는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다. 이하 이 조에서 같다). (이하 생략)
 가. 수입을 위탁받아 수입업체가 대행수입한 물품인 경우:그 물품의 수입을 위탁한 자
 나. 수입을 위탁받아 수입업체가 대행수입한 물품이 아닌 경우: 대통령령으로 정하는 상업서류에 적힌 물품수신인

 6-1) 관세법 시행령 제5조【납세의무자】([2021.2.17.-31454호]일부개정)
 법 제19조제1항제1호 나목에서 "대통령령으로 정하는 상업서류"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다. 
 1. 송품장
 2. 선하증권 또는 항공화물운송장

 7) 관세법 제38조의3【수정 및 경정】
 ② 납세의무자는 신고납부한 세액이 과다한 것을 알게 되었을 때에는 최초로 납세신고를 한 날부터 5년 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고한 세액의 경정을 세관장에게 청구할 수 있다.

 8) 민법 제188조【동산물권양도의 효력, 간이인도】
 ① 동산에 관한 물권의 양도는 그 동산을 인도하여야 효력이 생긴다.
 ② 양수인이 이미 그 동산을 점유한 때에는 당사자의 의사표시만으로 그 효력이 생긴다.

 8-1) 민법 제192조【점유권의 취득과 소멸】
 ① 물건을 사실상 지배하는 자는 점유권이 있다.
 ② 점유자가 물건에 대한 사실상의 지배를 상실한 때에는 점유권이 소멸한다.      (단서 생략)

 8-2) 민법 제194조【간접점유】 
 지상권, 전세권, 질권, 사용대차, 임대차, 임치 기타의 관계로 타인으로 하여금 물건을 점유하게 한 자는 간접으로 점유권이 있다.

 8-3) 민법 제195조【점유보조자】 
 가사상, 영업상 기타 유사한 관계에 의하여 타인의 지시를 받어 물건에 대한 사실상의 지배를 하는 때에는 그 타인만을 점유자로 한다.

 8-4) 민법 제197조【점유의 태양】
 ① 점유자는 소유의 의사로 선의, 평온 및 공연하게 점유한 것으로 추정한다.
 ② 선의의 점유자라도 본권에 관한 소에 패소한 때에는 그 소가 제기된 때로부터 악의의 점유자로 본다.

 8-5) 민법 제200조【권리의 적법의 추정】
 점유자가 점유물에 대하여 행사하는 권리는 적법하게 보유한 것으로 추정한다.
 (쟁점② 관련)

 9) 부가가치세법 제60조【가산세】
 ② 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다. (후단 생략)
 5. 세금계산서의 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 착오 또는 과실로 적혀 있지 아니하거나 사실과 다른 경우 그 공급가액의 1퍼센트. 다만, 대통령령으로 정하는 바에 따라 거래사실이 확인되는 경우는 제외한다.
 ③ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.
 1. 재화 또는 용역을 공급하지 아니하고 세금계산서 또는 제46조제3항에 따른 신용카드매출전표등(이하 "세금계산서등"이라 한다)을 발급한 경우: 그 세금계산서등에 적힌 공급가액의 3퍼센트
 2. 재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서등을 발급받은 경우: 그 세금계산서등에 적힌 공급가액의 3퍼센트  
 3. 재화 또는 용역을 공급하고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아닌 자 또는 실제로 재화 또는 용역을 공급받는 자가 아닌 자의 명의로 세금계산서등을 발급한 경우: 그 공급가액의 2퍼센트
 4. 재화 또는 용역을 공급받고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아닌 자의 명의로 세금계산서등을 발급받은 경우: 그 공급가액의 2퍼센트
 5. 재화 또는 용역을 공급하고 세금계산서등의 공급가액을 과다하게 기재한 경우: 실제보다 과다하게 기재한 부분에 대한 공급가액의 2퍼센트 
 6. 재화 또는 용역을 공급받고 제5호가 적용되는 세금계산서등을 발급받은 경우: 실제보다 과다하게 기재된 부분에 대한 공급가액의 2퍼센트
 ⑦ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다. 다만, 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항이 착오로 적힌 경우로서 사업자가 수령한 세금계산서 또는 수입세금계산서에 따라 거래사실이 확인되는 부분의 공급가액에 대하여는 그러하지 아니하다. 
 1. 제39조제1항제2호 단서에 따라 매입세액을 공제받는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우에는 매입처별 세금계산서합계표에 따르지 아니하고 세금계산서 또는 수입세금계산서에 따라 공제받은 매입세액에 해당하는 공급가액의 0.5퍼센트
 2. 제54조제1항 및 제3항에 따른 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적혀 있지 아니하거나 사실과 다르게 적혀 있는 경우에는 매입처별 세금계산서합계표에 따르지 아니하고 세금계산서 또는 수입세금계산서에 따라 공제받은 매입세액에 해당하는 공급가액의 0.5퍼센트. 다만, 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다.
 3. 제54조제1항 및 제3항에 따라 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 공급가액을 사실과 다르게 과다하게 적어 신고한 경우에는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 사실과 다르게 과다하게 적어 신고한 공급가액의 0.5퍼센트

 9-1) 부가가치세법 시행령 제108조【가산세】
 ③ 법 제32조에 따라 발급한 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오나 과실로 사실과 다르게 적혔으나 해당 세금계산서에 적힌 나머지 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우에는 법 제60조제2항제5호에 따른 사실과 다른 세금계산서로 보지 아니한다.
 

 다. 사실관계 등

 1) 청구법인 현황 개요

 (1) 청구법인의 등기사항증명서에 따르면 목적은 다음과 같이 기재되어 있다. 
 <그림>

 (2) 국세청 전산시스템(NTIS)자료에 따르면, 청구법인의 사업자등록 기본사항은 다음과 같다.
 <표>

 (3) 청구법인의 최근 5개 사업연도(2017.10.∼2021.10.)에 대한 법인세 및 본 건 관련 과세기간 동안의 부가가치세 신고 내역을 요약하면 다음과 같다.
 <표>

 2) 세무조사결과통지 및 과세전적부심사청구 내역
 조사청은 2021.8.17.부터 2021.1.20.까지 청구법인에 대한 법인통합조사를 실시하여, ①쟁점부품의 수입주체는 AAA2 또는 국내고객사이므로 쟁점세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당하고, ②쟁점부품은 청구법인의 사업과 직접적 관련성이 없다고 보아 쟁점매입세액을 불공제하여 다음과 같이 부가가치세를 경정하여 고지하겠다는 세무조사결과통지를 하였고, 
  청구법인은 이에 불복하여 2021.2.18. 이 건 과세전적부심사청구를 제기하였다.
 <표>

 3) 과세사실판단자문위원회 의결 결과
 조사청은 쟁점세금계산서 상의 쟁점매입세액 공제 여부에 대해 2021.12.14. 과세사실판단자문위원회의 의결을 거쳤다. 
  당해 위원회는 쟁점부품이 쟁점장비의 일부를 구성하는 것으로서 쟁점장비(쟁점부품 포함)의 소유권이 AAA1·AAA2에서 (청구법인을 거치지 않고) 국내고객사로 곧바로 이전된다고 보아야 하는 점 등을 이유로 하여 쟁점매입세액을 불공제하는 것이 타당하고 의결하였다.
 <그림>

 4) 쟁점계약 관련 내역
 쟁점계약의 명칭은 판매 대리점, 설치 및 보증 서비스 계약(Sales agency and installation and warranty services agreement)으로 당해 계약서는 청구법인이 AAA2에 제공하는 판매지원 서비스, 설치 및 보증 서비스 관련 내용으로 구성되어 있다.  

 5) 양측 핵심주장 비교표
 <표>

 6) 청구법인 세부주장
 (쟁점① 관련)

 가) 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보는 것은 부당하다.

 (1) 조사청이 제시한 판결들을 근거로 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 볼 수 없다.

 (가) 조사청은 청구법인이 쟁점부품의 실질적인 수입자가 아니라고 주장하며, 본 건과 유사한 거래에 대한 관세 판결(부산고등법원2020누20613, 2021.2.5. 판결)을 그 근거의 하나로 제시하고 있다. 

 하지만 당해 판결은 원고(TTT의 국내자회사)와 TTT을 쟁점 물품 수입거래의 거래당사자로 먼저 확정한 이후, 쟁점외부품과의 거래단계의 동일성 여부를 판단함에 있어서 쟁점외부품과 달리 쟁점부품 거래는 원고가 국내고객사와의 실질적인 거래 당사자가 아니어서 거래 단계의 동질성이 없다고 판단한 것으로, 조사청은 판결을 잘못 이해하고 있다.
 

(나) 조사청에서 근거로 제시한 대법원 판례(대법원 2009두11539, 2011.4.28. 판결)상 사실관계는 ①외국법인의 국내지점이 존재하는 점, ②재화의 대부분은 수입통관 절차 없이 곧바로 외국항행 선박에 공급되어 수입통관이 필수적인 사항은 아닌 것으로 보이는 점, ③재화가 수입·통관되는 주요한 목적은 이를 판매하기 위한 점, ④재화의 판매로 인한 수입(대금)은 외국법인의 국내지점이 법인세 신고시 수입금액으로 계상한 점 등 대부분의 사실관계가 청구법인의 사실관계와 상이하여 이를 본 건에 적용하기는 어렵다.

 (2) 쟁점부품이 회계관리 프로그램(SAP)상 재고자산으로 입력되지 않는다는 점을 근거로 청구법인이 실질적 수입주체가 아니라고 볼 수 없다.

 (가) 청구법인은 국내고객사가 쟁점장비 구입 및 수입 시 선적시점에 누락된 쟁점부품을 판매지원목적으로 수입통관 후 공항에서 바로 (고객사에서 쟁점장비를 설치하고 있는) 엔지니어에게 전달하거나, 짧은 기간(1∼2주) 창고에 가지고 있다가 엔지니어에게 배송하여 쟁점장비 설치에 사용한다.

 (나) 이 과정에서 쟁점부품의 입출고수량은 SAP상 운송단위별로 비망계정을 통해 관리되고 있다. 쟁점부품은 무상부품이기 때문에 원가집계 목적의 재고관리는 필요하지 아니하다.
  그럼에도 불구하고 쟁점부품이 SAP상 재고자산 계정에 입력되어 원가집계를 하지 않고 있는 사실관계를 토대로 쟁점부품의 실질적 수입주체가 청구법인이 아니라고 보는 것은 타당하지 않다.

 (3) 청구법인이 이전가격정책에 따라 AAA2로부터 쟁점부품 수입에 드는 비용을 보전받는다고 하여 실질적 수입 주체가 아니라고 볼 수 없다.

 (가) 조사청은 청구법인이 AAA2 소유의 쟁점부품을 무환수입하여 국내고객사에 전달하는 것과 관련하여 발생한 관세 등 수입제반비용을 이전가격정책에 따라 AAA2로부터 보전받고 있으므로, 쟁점부품의 수입주체는 실질적으로 관세 등 수입제반비용을 부담하는 AAA2로 보아야 한다고 주장한다.

 (나) 그러나, 청구법인이 계상한 수입제반비용을 AAA2로부터 실비변상적으로 보전받는다고 하여 청구법인이 비용 부담 주체가 아니라 AAA2가 비용 부담의 주체라고 보는 것은 타당하지 않다. 그렇게 되면, 수입제반비용 뿐 아니라 모든 영업비용의 부담주체가 AAA2라고 보게 되는 문제가 발생한다.
 나) 쟁점부품은 청구법인의 사업을 위해 수입한 재화이므로 쟁점매입세액은 매입세액공제 대상이다.
 (1) 본 건 무환수입은 판매지원 서비스의 일환으로 이루어진 직접적 사업 활동이므로 쟁점매입세액은 매입세액공제 대상이다.

 (가) 쟁점계약에 의하면 청구법인의 판매지원서비스는 고객 및 잠재 고객과의 만남 및 협상, 컨벤션 및 판매 회의 참석, 홍보 및 광고를 포함하면서도 이에 국한되지 않는 모든 활동으로 정하고 있다.
 (나) 계약서에 포현된 문구가 아니더라도 국내고객사에 판매된 쟁점장비에 대한 판매가액의 일정률을 수수료로 수취하는 청구법인의 사업구조상 국내고객사와 쟁점장비의 판매 계약을 직접 체결하거나 판매 계약의 중요한 요소와 세부사항을 협상하는 활동을 제외하고는 AAA2가 국내고객사에게 쟁점장비를 최종 판매완료할 때 까지 판매지원 및 이에 부수되어 발생하는 또는 필요로 하는 모든 활동들을 수행하는 것은 지극히 당연한 것이다.
 

(다) 쟁점부품(Back Order 부품)은 쟁점장비의 판매자인 AAA2가 결과적으로 국내고객사와의 계약상 납기를 이행하지 못하여 발생한 것으로서 AAA2에게 귀책사유가 있는 것이어서 당초 자기의 비용으로 쟁점장비의 선적 및 수입을 수행하였던 국내고객사에게 이를 재차 선적 및 수입하도록 요구하는 것 보다는 AAA2가 직접 선적 및 수입 통관하여 국내고객사의 공장까지 운송하여 인도하는 것이 상관행상 통상적이다.
  그런데, AAA2는 외국법인으로서 국내에서 직접 수입통관을 할 수 없기 때문에, 판매지원서비스를 제공하고 있는 청구법인이 쟁점부품을 수입통관하고 국내고객사의 공장으로 운송하여 설치작업을 수행하는 것이 합리적이다.

 (라) 국세청 해석례(부가46015-2311, 1999.8.4.)에 따르면, 외국법인이 국내에 공급한 재화의 하자 발생 시에 외국법인을 대행하여 하자물품의 대체품과 수리부품의 국내 반입을 위한 수입통관 제반업무를 자기의 책임과 계산으로 수행하는 국제복합운송사업자가 세관장으로부터 교부받은 수입세금계산서의 매입세액은 매출세액에서 공제되는 것으로 해석하고 있는바, 
  여기서 “하자”란 거래통념상의 기대되는 품질이나 성능이 결여된 경우뿐만 아니라 매매의 목적물 중 일부(예를 들어 부품 및 구성품 등)가 누락되어 목적물이 불완전하게 판매되어 계약에서 정한 용도에 사용하지 못하는 경우까지도 포함하는 것이므로, 쟁점부품이 누락된 쟁점장비 역시 하자물품에 해당하여 쟁점매입세액 역시 매입세액 공제 대상으로 보는 것이 타당하다.

 (2) 쟁점매입세액을 불공제하게 되면 불합리한 결과가 초래된다.
 (가) 국내고객사는 쟁점장비를 AAA2로부터 수입하여 이에 대한 부가가치세를 납부하고 이를 매입세액으로 공제받는다. 제조된 반도체와 관련한 공급의 흐름에서 결국 최종소비자가 최종생산물 가격×10%의 부가가치세를 부담하기 마련이고 이만큼이 본 건 관련 국가의 정상적인 조세수입이 된다.   
 (나) 만일, 쟁점매입세액의 공제를 부인하면 결과적으로 최종소비자가 부담하는 가격×10%에 해당하는 부가가치세를 초과하는 금액이 부가가치세로 납부되는 부당한 결과가 초래된다.
 (쟁점② 관련)
 

다) 쟁점세금계산서는 세금계산서 불성실가산세 부과 대상이 아니다.
 (1) 수입세금계산서는 가산세 부과 대상이 아니다.
 「부가가치세법」제4조(과세대상)는 “재화 또는 용역의 공급”(제1호)과 “재화의 수입”(제2호)를 구분하고 있다. 이와 관련하여, 조사청이 본 건 세금계산서 불성실가산세 부과의 근거로 삼고 있는 같은 법 제60조 제3항 제2호는 “재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서등을 발급받은 경우”를 가산세 부과 대상으로 하고 있을 뿐,
  재화의 수입에 대하여는 명시하고 있지 않으므로 ‘재화의 수입’시 발급받는 수입세금계산서는 당해 가산세의 부과 대상이 아니라고 보는 것이 타당하다.
 (2) 쟁점부품 수입은 가공거래가 아니어서 본 건 가산세 부과 대상이 아니다.
 (가) 상기 규정의 취지를 보면, 해당 가산세는 실물 혹은 용역의 제공이 없이 단순히 세금계산서만을 가공으로 발급하여 고의로 거래질서를 문란하게 하는 행위에 대해 규제하기 위해 부과되는 것이다. 
  실물(쟁점부품)의 수입이 명백하게 존재하는 상황에서 국가기관인 세관으로부터 발급된 수입세금계산서인 쟁점세금계산서에 적용될 성질의 것은 아니다.
 (나) 다수의 판결, 심판·심사 결정례를 보더라도, 상기의 가산세 관련 논의의 쟁점이 되는 세금계산서는 실물거래 없이 수수된 거짓세금계산서로 이에 해당할 경우 가산세가 부과되는 것으로 해석하고 있다.
  즉, 해당 거래를 실지거래로 인정하기 어려울 경우 해당 세금계산서 또한 정당한 세금계산서로 인정할 수 없다는 취지에서 해당 가산세를 부과하는 것이지 쟁점수입세금계산서와 같이 실물 거래가 존재하는 경우임에도 불구하고 부과할 것은 아니다.
 (3) 설령 세금계산서 불성실가산세가 부과되어야 한다고 보더라도 세율 3%가 아닌 세율 1%의 가산세가 적용되는 것이 타당하다.
 7) 청구법인 제출 증빙자료 검토
 청구법인은 쟁점부품의 수입주체가 청구법인이 맞다는 점을 입증하기 위한 취지로 쟁점부품 거래 관련 송품장(Invoice), 항공화물 운송장 및 선하증권 샘플들을 제시하고 있다. 
  당해 서류들은 아래와 같이 수신인(SHIP TO, Consignee)을 청구인으로 표시하고 있다.
 <그림>

 8) 조사청 세부의견
 (쟁점① 관련)
 가) 쟁점부품의 실질적 수입 주체는 청구법인이 아닌 AAA2(또는 국내고객사)이므로 청구법인을 수입자로 한 쟁점세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당하여 매입세액 불공제 대상이다.
 (1) 쟁점부품의 소유권은 청구법인에 귀속된 바 없이 줄곧 AAA2(또는 국내고객사)에 귀속되어 있다고 보는 것이 타당하므

로 실질적 수입주체는 청구법인이 아닌 AAA2(또는 국내고객사)일 수 밖에 없다.
 (가) 쟁점계약에 따르면 청구법인은 AAA2를 대리하여 판촉활동을 수행하거나 AAA2에 설치·보증 서비스를 제공하고 수수료를 수취할 뿐, AAA2를 대신하여 쟁점부품의 재고를 보유한다는 계약 내용은 확인되지 않는다.
 (나) 쟁점장비(쟁점부품 포함)의 전체 소유권은 AAA2에서 청구법인을 거치지 않고 국내고객사로 직접 이전되며, 청구법인은 AAA2에 대해 제공하는 설치 서비스와 관련하여 AAA2로부터 용역 대가만을 수취할 뿐 쟁점부품에 대해서는 어떠한 권리를 확보하거나 대가를 지불하지 않는다.

 (다) 부연컨대, 쟁점부품의 실물 흐름이 청구법인을 거치기는 하지만 청구법인은 당해 재화의 수익‧처분권을 가지지 못한다. 즉, 청구법인은 쟁점부품을 일시적으로 점유하여 관리하기는 하지만 AAA2로부터 소유권을 이전받은 바는 전혀 없다. 따라서, 쟁점부품의 실질적 수입주체는 청구법인이 아닌 AAA2(또는 국내고객사)일 수 밖에 없다.
 (2) 쟁점부품은 쟁점장비의 일부일 뿐이라는 점에서도 청구법인이 아니라  쟁점장비의 수입자인 AAA2(또는 국내고객사)가 쟁점부품의 수입자이다.  
 (가) AAA2는 국내고객사에게 쟁점장비를 구성하는 부품의 일부가 부족하더라도 계약상 납기 내에 쟁점장비를 배송해야 한다. 이러한 사정으로 인해 발생한 누락부품이 쟁점부품이다. 즉, 쟁점부품은 쟁점장비의 일부이다. 누락부품 주요 발생사유는 대체로 다음과 같다.
 <표>

 (나) 쟁점세금계산서 상의 쟁점부품 공급가액은 이미 국내고객사가 쟁점장비 수입 시 수취한 수입세금계산서 상 공급가액에 포함되어 있다.

 (다) 쟁점장비(쟁점부품 포함) 판매 계약은 AAA2와 국내고객사 간에 이루어지고 청구법인은 거래 당사자가 아니다. 따라서, 쟁점장비의 일부인 쟁점부품에 대해서도 청구법인은 거래 당사자가 아닌 것이다.
 (3) 청구법인은 쟁점외부품의 경우와 달리 쟁점부품의 경우에는 재고관리를 하지 않았다는 점에서도 쟁점부품의 수입주체라 할 수 없다.
 (가) 쟁점외부품의 경우 청구법인의 창고에 입고되면 청구법인이 박스를 개봉하여 부품 단위별로 회계관리 프로그램(이하 “SAP”이라 한다)에 입력하여 재고 관리를 한다. 청구법인은 쟁점외부품의 재고 수량이 부족하게 되면 주문을 통해 AAA2로부터 쟁점외부품을 유상으로 추가 매입한다.  
 (나) 쟁점부품은 통관 이후 청구법인의 창고를 거치지 않고 즉시 국내고객사에 전달되기도 하고, 창고에 1∼2주 정도 보관되었다가 배송되기도 한다. 후자의 경우에는 쟁점외부품과 구분하여 박스 미개봉 상태로 관리한다. 
  그런데, 청구법인은 회계관리 프로그램(SAP)상 쟁점부품에 대한 매입·매출을 입력하거나 원가관리를 하지 않는다. 즉, 청구법인은 쟁점부품에 대해 배송을 위한 단순 입출고 관리만 할 뿐 재고자산으로 계상하거나 매출원가로 인식하지 않는다.
 

(4) 국세청 해석례 등에 의할 때, 무환수입의 실질적 주체가 아닌 형식적 주체는 당해 무환수입 관련 매입세액공제를 받을 수 없다.  
 (가) 질의회신 서면-2019-법령해석부가-2944(2020.1.21.)의 주요 내용은 골프연습장 장비 설치 용역 및 유지보수용역을 제공하는 국내사업자가 외국법인으로부터 장비를 무환수입하면서 관세를 외국법인이 부담하는 경우 당해 재화의 수입주체가 실질적으로 외국법인인 경우에는 국내사업자가 수취한 수입세금계산서의 매입세액은 공제할 수 없다는 취지의 해석이다.
  쟁점계약 상 청구법인은 AAA2 소유의 쟁점부품을 무환수입하여 국내고객사에 전달하는 것과 관련하여 발생한 관세 등 수입제반비용을 모두 보전 받고도 이전가격정책 상의 영업이익률 2.6%를 달성할 수 있는 수준으로 AAA2로부터 판매지원 수수료를 받는다. 따라서, 상기의 해석례를 본 건에 적용하면 쟁점부품의 수입주체는 관세 등 수입제반비용을 실질적으로 부담하는 AAA2가 되므로 청구법인이 수취한 쟁점세금계산서는 매입세액 불공제 대상이 된다.

 (나) 대법원2009두11539‧2009두11546(병합), 2011.4.28. 선고 판결 역시 “ 수입되는 재화에 대하여 세금계산서를 교부받아야 할 ‘수입자’라 함은 그 수입의 효과가 실질적으로 귀속되는 자를 의미한다고 할 것이므로 단지 형식상의 수입신고 명의인에 불과할 뿐 그 수입의 효과가 실질적으로 귀속되지 아니하는 자를 수입자로 하여 교부받은 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당하여 그 매입세액은 매출세액에서 공제되지 아니한다.”고 판시하고 있다. 
 (다) 본 건과 거래 관계가 유사한 동종업계 T사의 관세 등 부과처분 취소 판결(부산고등법원2020누20613, 2021.2.5.)에서는 ①원고가 무상으로 수입한 쟁점부품의 가치는 국내고객사에 판매한 쟁점장비의 가치에 이미 포함되어 있는 점, ②쟁점부품은 해외 판매업체와 국내고객사 사이의 쟁점장비 판매 및 설치 계약에 따른 계약 이행을 목적으로 수입된 것인 점, ③원고는 설치 등 서비스를 제공한 대가로 해외 판매업체로부터 별도의 수수료만 지급받을 뿐인 점 등에 근거하여 원고가 쟁점부품 수입에 대한 실질적인 거래당사자라고 인정하기 어렵다는 취지로 판시하였다.

 (라) 또한 최근 다수의 해석례(서면2019법령해석부가2944, 2020.1.21. 등)에서도 국내사업자가 외국법인을 대신하여 장비를 반입하는 등 장비의 수입주체가 실질적으로 국내사업자가 아닌 경우에는 매입세액은 공제할 수 없는 것이라고 보고 있다.

 (마) 청구법인이 매입세액공제를 인정한 선례로 제시한 해석례(부가46015-2311, 1999.8.4.)는 수입통관 등 제반업무를 자기의 책임과 계산으로 수행하는 국제복합운송주선업자에 대한 것으로서, 외국법인이 국내 소비자에게 제품을 공급한 이후 제품상의 하자가 발생하여 보상수리를 하는 단계에 대한 내용이다. 이는 AAA2가 국내고객사에게 판매한 쟁점장비의 일부로서 아직 공급 단계에 있는 쟁점부품의 경우와는 사실관계가 다른 사안이다. 
  하지만, 본 건은 쟁점부품의 소유권이 AAA2에서 청구법인을 거치지 않고 국내고객사로 바로 이전되는 상황에서, 국내고객사를 대신해 청구법인이 쟁점부품을 수입하는 경우, 즉 대행수입과 유사한 경우로서 상기의 해석례를 적용하기에 적절하지 않다.
 나) 쟁점부품은 청구법인의 사업을 위해 사용되는 재화라고 보기 어렵다는 측면에서도 쟁점매입세액은 매입세액 불공제 대상이다.
 (1) 쟁점부품은 청구법인의 ‘판매지원 서비스’와 관련이 없다. 
 (가) 판매지원 서비스는 다음에서 보는 바와 같이 AAA1‧AAA2의 국내고객사에 대한 쟁점장비 판매 과정에서 양자의 의사를 조율(정보 제공, 가격 전달 등)하는 성격의 것이어서 쟁점부품이 필요한 서비스가 아니다.
 <그림>

 (나) 특히, 쟁점계약 상 판매지원 서비스와 관련하여 청구법인이 AAA2로부터 쟁점부품을 전달받아 대신 수입통관하고 국내고객사에 전달하는 의무를 부담하거나 이에 대한 수수료를 수취한다는 내용은 없다.

 (다) 청구법인은 쟁점계약의 영문계약서 상 M&S Services(판매지원 서비스)의 의미에 대해 “고객과의 만남, 협상, 회의참석, 홍보 및 광고를 포함하나 이에 국한되지 않는 모든 활동”으로 해석하면서, 쟁점부품을 수입통관하여 국내고객사에 전달하는 것도 계약에 따른 판매지원 활동의 일환이라고 주장한다.
  하지만, “but are not limited to” 문구 해석을 ‘모든 활동’으로 보는 것은 지나친 확대해석이고, 예시된 활동들 및 이에 국한되지 않는 통상적인 판매지원 활동들을 의미한다고 해석하는 것이 더 합리적이다.
 (2) 쟁점부품은 청구법인의 ‘설치 서비스’와도 직접적 관련이 없다.
 (가) 쟁점부품은 AAA2가 국내고객사에 판매한 쟁점장비의 일부를 구성하는 것(쟁점장비의 대가에는 쟁점부품의 대가도 포함되어 있음)으로서 ‘설치의 목적물’이지 ‘설치 서비스 제공을 위해 투입되는 재화’라고 할 수 없다.

 (나) 청구법인은 AAA2에 대한 ‘설치 서비스’를 제공하기 전, 협력 차원에서 쟁점부품을 국내고객사에 전달한 것일 뿐이다. 쟁점부품은 청구법인의 수수료 수익 창출을 위해 사용(소비)된 재화가 아니다. 다시 말해, 쟁점부품은 청구법인의 부가가치 창출을 위해 사용되지 않았다. 

 (다) 만일, 청구법인의 주장과 같이 쟁점부품을 설치 서비스를 위해 사용된 재화로 보아 매입세액공제를 허용한다면, 청구법인이 쟁점부품만이 아닌 쟁점장비 전체에 대해 수입 통관 업무를 대행하는 경우에도 청구법인이 쟁점장비 전체에 대한 부가가치세를 공제받을 수 있다는 불합리한 결론이 도출되는 문제도 발생한다.
 (3) 쟁점부품은 청구법인의 ‘보증 서비스’와도 관련이 없다.
 (가) 청구법인은 쟁점장비의 설치 후 일정한 ‘보증 기간’동안 AAA2를 대신하여 국내고객사에게 하자를 보수하는 역할(Warranty)을 수행하고 있다. 이러한 보증 서비스에 사용되는 부품은 바로 청구법인이 유상으로 수입한 쟁점외부품이다. 청구법인은 이를 재고자산으로 계상하면서 보증 서비스를 위해 사용하고 있다. 
  청구법인은 AAA2로부터 구입한 쟁점외부품을 보증 서비스를 제공하는데 사용(소비)하고, 부품가액을 AAA2에 청구하여 수취(부가가치세 영세율 적용)한다.
  따라서, 쟁점외부품은 납세자 본연의 업무인 보증 서비스에 사용한 것으로서 사업 관련성이 인정되어 매입세액 공제 대상에 해당하는 것이다.
 (나) 반면, 쟁점부품은 ‘보증 서비스’를 위해 투입되는 재화가 아니다.

 (4) 소결 
 이상에서 살펴본 바와 같이 청구법인이 무환수입한 쟁점부품은 AAA1‧AAA2가 국내고객사에 매출한 쟁점장비의 일부일 뿐이고, 쟁점계약상 판매지원 서비스 및 설치 및 보증 서비스 등에 투입되는 재화가 아니다. 따라서, 쟁점매입세액은 청구법인의 사업과 관련이 없는 재화에 대한 매입세액으로 매입세액 불공제 대상이다.
 다) 쟁점부품의 무환수입과 관련하여 국내고객사와 청구법인이 중복으로 매입세액 공제를 받게 되는 문제점이 있다.

 (1) AAA2가 최초로 국내고객사에 쟁점장비 판매 시 거래계약 상 장비 판매 대금에는 시스템 본체의 대금과 누락된 쟁점부품 등에 대한 대가가 포함되어 있다. 
  AAA2는 쟁점장비의 발송을 위한 선적 전 부품의 누락을 인식하였더라도 쟁점부품이 누락된 상태로 배송을 진행하였고, 그럼에도 불구하고 국내고객사는 시스템 본체와 쟁점부품 등을 모두 포함한 쟁점장비의 전체 금액에 대해 수입세금계산서를 발급받고 매입세액공제를 적용받았다.
  그 후 청구법인이 쟁점부품을 무환수입하면서 수입세금계산서를 수취하고 매입세액공제를 받음으로 인해, 결과적으로 국내고객사와 청구법인은 동일 물건(쟁점부품)에 대해 이중으로 매입세액공제를 받는 문제되는 결과를 야기하였다. 이는 세금계산서 수수질서의 근간을 해치는 것이다.
 (2) 본 건의 경우 청구법인이 아니라 쟁점장비(쟁점부품 포함)의 구입자인 국내고객사가 쟁점부품 관련 수입세금계산서를 수취하고 매입세액공제를 받는 것이 타당하다. 이 경우 당초 쟁점장비 전체 금액에 대하여 수취했던 수입세금계산서는 쟁점부품 가액만큼 감액‧수정하여 발급받으면 된다.
 라) ‘본 건 거래 및 부가가치세 환급으로 인한 조세의 일실·탈루 발생 여부’와 상관없이 쟁점부품에 대한 매입세액은 불공제 대상이다.

 (1) 쟁점부품 관련 거래는 조세의 일실 여부와 상관없이 매입세액 불공제 대상이다.
  「부가가치세법」제38조는 “공제하지 아니하는 매입세액”에 대하여 ‘조세의 일실’을 요건으로 정하고 있지 않다. 쟁점매입세액은 사업과 직접 관련된 지출이 아니므로 조세의 일실 여부와 상관없이 매입세액 불공제 대상이다.
 (2) 이와 같은 매입세액 불공제 문제는 청구법인에 대해 장비 판매법인으로서의 지위를 인정하지 않으려는 AAA1의 이전가격 정책에서 기인한 것이다. 
  청구법인의 주장과 같이 쟁점부품이 청구법인의 사업과 밀접한 관련성이 있어 청구법인을 통하여 공급하는 것이 타당하다면, 청구법인이 쟁점부품을 자기의 책임과 계산 하에 수입하여 재고로 계상하고, 여기에 일정한 마진을 가산하여 국내고객사에 대한 매출로 연결시켰어야 하는데(이러한 경우는 매입세액공제 가능) 그렇지 못하다.
  AAA1 그룹은 이전가격 정책에 따라 청구법인의 판매 기능을 인정하지는 않으면서, 수입세금계산서 관련 부가가치세 매입세액은 환급받기를 바라고 있는 모순적인 행태를 보이고 있으며, 이로 인해 본 건 거래와 같은 왜곡된 거래 구조가 나타나고 있는 것이다.
  따라서, 청구법인이 AAA2의 수입대행자로서 쟁점부품을 수입하고 있는 현재의 거래 형태에서는 쟁점부품의 수입 관련 매입세액은 환급대상이 아니라 실질적인 수입 당사자인 AAA2가 부담하여야 한다. 
 

마) 사전 협의를 통해 국내고객사가 쟁점부품을 수입통관할 수 있도록 절차가 마련되어 있었음에도, 편의상 변칙적으로 청구법인이 쟁점부품을 수입통관 후 국내고객사에 전달하였던 것으로 확인된다.
 (1) 국내고객사에 대한 현장확인 결과, 쟁점장비의 거래당사자인 국내고객사가 쟁점부품을 수입통관하는 거래 절차가 이미 운영되고 있었다.
 (2) 조사청은 조사기간 중 국내고객사(SS전자와 HHH) 쟁점장비 구매팀에 대한 현장확인을 실시하여, 쟁점부품의 수입통관 절차 등을 확인하였다.
 (3) 현장확인 내용에 따르면, AAA2의 공장에서 쟁점장비 출하 전 누락 부품(백오더 부품)의 발생 사실을 알게 되면 AAA2와 국내고객사 간에 쟁점부품 내역과 배송 일정 등을 미리 협의한 후 국내고객사가 수입통관하는 절차가 이미 운영되고 있는 사실이 확인되었다. 

 (4) 반면, 청구법인이 수입통관하여 AAA2 대신 국내고객사에 전달하는 쟁점부품에 대해서는 국내고객사 구매팀에서 그 발생 사실을 인지하지 못하는 것으로 확인된다.

 (5) 즉, 쟁점부품의 경우에도 사전 협의를 통해 정상적으로 국내고객사가 수입통관할 수 있도록 거래절차가 마련되어 있었음에도,
  국내고객사와의 관계 유지, 기업 신뢰도 하락 등을 우려하여 사전협의를 누락한 채 변칙적으로 청구법인이 대신 무환수입 통관하고 매입세액공제를 적용받은 것이다.

 (쟁점② 관련)

 바) 쟁점세금계산서는 형식상의 수입신고 명의인인 청구법인이 실질적으로 재화를 공급받지 않고 발급받은 것이므로 가공세금계산서 수취에 대한 가산세가 적용된다.
 (1) 청구법인은 형식상의 수입신고 명의인에 불과하므로 쟁점세금계산서는 공급받는 자가 사실과 다른 세금계산서에 해당한다.

 (가) 쟁점부품을 포함한 쟁점장비 판매의 거래 당사자는 AAA2와 국내고객사이며, 청구법인은 AAA2(또는 국내고객사)를 대신하여 누락된 쟁점부품을 수입통관한 후 국내고객사에 전달하는 역할을 하였을 뿐이다.
 (나) 따라서, 청구법인은 쟁점부품에 대한 실질적 수입자가 아니라 형식상의 수입신고 명의인에 불과하므로 쟁점세금계산서는 재화를 공급받는 자가 사실과 다른 세금계산서에 해당되어 세금계산서 불성실가산세 대상이다.
 (2) 사실과 다른 수입세금계산서에 대해 세금계산서 불성실 가산세를 적용하는 것은 당연한 과세처분이다.
 

(가) 수입세금계산서는 「부가가치세법」제32조 제1항에 따른 세금계산서 발급에 관한 규정을 준용하여 발급하는 것이므로(같은 법 시행령 제72조 제1항) 세금계산서 불성실 가산세 적용대상에 해당된다.
  심사·심판 결정례 등에서도 실제 수입자가 아닌 제3자가 수입세금계산서를 발급받거나 공급가액을 과다 기재한 수입세금계산서를 수취한 사건에서 세금계산서 불성실 가산세를 부과한 처분에 대해 정당한 것으로 판단하였다(심사부가2017-0062, 2017.10.31., 조심2016중0408, 2016.11.30. 외).
 (3) 청구법인은 실질적으로 재화를 공급받지 않고 세금계산서를 발급받은 것이므로 세금계산서 가공 수취에 대한 가산세가 적용된다.

 (가) 청구법인은 쟁점부품을 실제 수입하고 세금계산서를 발급받은 것이므로, 가공 세금계산서 수취에 대한 가산세(공급가액의 3%) 적용 대상에 해당되지 않는다고 주장하나,
  쟁점장비의 일부인 쟁점부품의 거래 흐름은 AAA2와 국내고객사 간에 이루어지는 것이고, 청구법인은 실질적으로 재화를 공급받지 않고 세금계산서를 발급받은 것이므로 「부가가치세법」제60조 제3항 제2호(재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서를 발급받은 경우)에 의거 가공세금계산서 수취에 대한 가산세가 적용되는 것이다.
 (나) 또한, 사전 협의를 거쳐 국내고객사가 수입통관하는 절차가 이미 운영되고 있음에도 변칙적으로 청구법인이 대신 무환수입하여 쟁점세금계산서를 수취하였으므로 세금계산서 가공수취 가산세 부과는 당연한 처분이다.

 9) 조사청 제출 증빙자료 검토 
 가) 조사청의 주장에 따르면, AAA2는 매년 국내고객사와 1년간 판매할 쟁점장비에 대해 VPA(Volume Purchase Agreement) 계약을 체결하여 공급하고 있다. 조사청은 쟁점장비 판매계약의 당사자가 국내고객사(SS전자, HHH 등)와 AAA2이며, 청구법인은 당해 계약의 당사자가 아니라는 취지로 당해 계약의 계약서를 제출하였다. 당해 계약서에는 AAA2와 SS전자의 서명날인만 있고, 청구법인의 서명날인은 없다.
 나) 이와 관련하여 조사청은 쟁점장비에 대한 발주서(PO) 샘플도 제출하였다. 당해 발주서는 HHH가 AAA2에게 발행한 발주서로 청구법인에 대한 언급은 없다.  

 라. 판단
 1) 쟁점①에 대하여
 가) 관련 법리
 (1)「부가가치세법」제35조 제1항에 따라 세관장은 수입되는 재화에 대하여 부가가치세를 징수할 때 수입세금계산서를 발급하여야 한다. 이 경우 같은 법 시행령 제72조 제1항에 의해 준용되는 같은 법 제32조 제1항에 따라 수입세금계산서는 수입자에게 발급되어야 하는 것으로 해석된다.
  같은 법 제39조 제1항 제2호에 따르면 수입세금계산서 상 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 않는다. 여기서 “필요적 기재사항”에는 “공급받는 자(수입자)의 등록번호”가 포함된다(「부가가치세법」제32조 제1항 제2호). 따라서, 수입자가 다르게 적힌, 즉 수입자가 아닌 자에게 발급된 수입세금계산서에 대한 매입세액은 매출세액에서 공제하지 않는다. 
  대법원은 수입되는 재화에 대하여 세금계산서를 교부받아야 할 ‘수입자’라 함은 그 수입의 효과가 실질적으로 귀속되는 자를 의미한다고 할 것이므로 단지 형식상의 수입신고 명의인에 불과할 뿐 그 수입의 효과가 실질적으로 귀속되지 아니하는 자를 수입자로 하여 교부받은 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당하여 그 매입세액은 매출세액에서 공제되지 아니한다(대법원2009두11539, 2009두11546(병합), 2011.4.28. 참조)고 판시한 바 있다.
 (2) 또한, 사업자가 재화의 수입 과정에서 납부한 부가가치세액(매입세액)이 매출세액에서 공제되기 위해서는, 당해 재화가 “사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 수입하는 재화”이어야 한다(「부가가치세법」제38조 제1항 제2호). 
 나) 쟁점부품에 대한 부가가치세액이 매입세액공제 대상인지 여부에 대한 판단
 (1) 쟁점부품은 쟁점장비의 일부를 구성하는 것(쟁점장비의 대가에는 쟁점부품의 가치도 포함되어 있음)으로서, 쟁점장비(쟁점부품 포함)의 소유권은 AAA2에서 (청구법인을 거치지 않고) 국내고객사로 곧바로 이전된다고 보아야 한다. 
  따라서, 쟁점부품의 실질적 ‘수입자’는 AAA2 혹은 국내고객사라고 보아야 하고, 쟁점부품과 관련하여, 청구법인은 AAA2의 지시를 받는 점유보조자(민법 제195조) 내지 단순 ‘전달자’로 보는 것이 타당하다.
  이 경우, 쟁점세금계산서는 쟁점부품의 실질적 수입자가 아닌 청구법인에게 발행된 것으로서 공급받는 자 내지 수입자가 다르게 적힌 세금계산서에 해당하여, 「부가가치세법」제39조 제1항 제2호에 따라 쟁점매입세액은 매입세액 불공제 대상으로 보아야 한다.
 (2) 부연컨대, 쟁점부품은 AAA2가 국내고객사에게 판매하는 쟁점장비의 구성 요소로서 이와 관련한 청구법인의 역할은 AAA2 대신 국내고객사에게 쟁점부품을 ‘전달’하는 것에 불과하여, 쟁점부품을 청구법인의 사업을 위해 사용되는 재화라고 보기 어렵다. 이처럼 ‘쟁점부품의 사업 관련성’ 측면에서 보아도 쟁점매입세액은 매입세액 불공제 대상으로 보는 것이 타당하다.
 (3) 따라서, 조사청의 세무조사결과통지 중 쟁점매입세액이 매입세액공제 대상이 아니라고 본 점에 대하여는 달리 잘못이 없다고 판단된다.

 2) 쟁점②에 대하여
 가) 관련 법리
 (1) 「부가가치세법」제32조 제1항은 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 “세금계산서”를 공급받는 자에게 발급하도록 규정하고 있다. 그리고, 같은 법 제35조 제1항은 세관장이 수입되는 재화에 대하여 부가가치세를 징수할 때에는 “수입세금계산서”를 수입하는 자에게 발급하도록 규정하고 있다.
 (2) 여기서, 세관장이 발급하는 “수입세금계산서”는 같은 법 시행령 제72조 제1항에 따라 “세금계산서” 발급에 관한 규정을 준용하여 발급하도록 규정되어 있기는 하나, 사업자가 발급하는 “세금계산서”와는 구별되는 것으로 해석된다.  
 (3)「부가가치세법」제60조는 제2항, 제3항에서 세금계산서 불성실가산세에 대해 규정하고 있는데, 제2항은 “세금계산서”를 그 대상으로, 제3항은 “세금계산서 등(세금계산서 및 신용카드매출전표 등)”을 그 대상으로 하고 있으며, “수입세금계산서”에 대해서는 별도의 언급이 없다.
 (4) 반면, 같은 법 같은 조 제7항 제1호 및 제2호는 “세금계산서 또는 수입세금계산서”라는 표현을 사용하여 관련 가산세에 대해 규정하고 있다.
 (5) 이러한 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다(대법원2003두7200, 2004.3.12. 참조). 
  따라서, 「부가가치세법」제60조 제2항, 제3항이 규정하고 있는 세금계산서 불성실가산세가 “세금계산서”가 아닌 “수입세금계산서”의 경우까지도 적용되는 것으로 확대 해석하는 것은 조세법률주의의 파생원칙인 엄격해석의 원칙에 위배되는 것으로 보인다.
 나) 쟁점세금계산서가 세금계산서 불성실가산세 부과 대상인지(쟁점②-1)에 대한 판단
 (1) 쟁점세금계산서는 “세금계산서”(부가가치세법§32)와는 구별되는 수입세금계산서(부가가치세법§35)로서 「부가가치세법」제60조 제2항, 제3항이 규정하고 있는 세금계산서 불성실가산세의 적용 대상이 아니다.
 (2) 따라서, 쟁점세금계산서에 대하여는 조사청의 세무조사결과통지 상에 나타나 있는 「부가가치세법」제60조 제3항 제2호에 따른 가산세(세율 3%)는 물론, 같은 법 같은 조 제2항 제5호에 따른 가산세(세율 1%) 역시 적용 대상이 아니다.
 (3) 결과적으로, 쟁점세금계산서에 대한 3% 세율의 세금계산서 불성실가산세 부과는 부당하며, 전액 취소되어야 할 것으로 판단된다.
 다) 쟁점②-1【채택】으로, 쟁점②-2는 심리의 실익이 없어 심리 대상에서 제외하기로 한다. 
 

5. 결론
   이 건 과세전적부심사청구는 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」제81조의15 제5항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.